Gerçekten de, inovasyonun, işbirliğinin ve küresel erişimin geliştiği bir yer olan “Küresel Britanya” lakabına bahşedilen umutları özetleyecek olursanız, o zaman COG-UK olarak bilinen Covid-19 Genomics UK programı tüm bu kutuları işaretler. Ulusal Sağlık Servisi, dört halk sağlığı kurumu, 16 akademik ortak ve Wellcome Sanger Enstitüsü’nü içeren bir işbirliği olan program, bürokratik engellerin nasıl yıkılacağına ve halk sağlığı kararlarının nasıl yönlendirileceğine dair faydalı bir örnek sunuyor.
COG-UK, Cambridge Üniversitesi’nde mikrobiyolog olan Sharon Peacock’un liderliği olmadan gerçekleşemezdi. Peacock, erkenden toplu sıralama yapmanın faydası hakkındaki şüpheleri gidermek zorunda kaldı. Ama engelleri aşma konusunda çok tecrübesi var.
Therese Raphael ve Sam Fazeli, Peacock ile virüsün gelişiminin şimdi nasıl izleneceğini, İngiltere’nin çok artan dizileme yeteneklerinin başka nedenlerle nasıl kullanılabileceğini ve başarı formülü hakkında konuştu. Transkript, uzunluk ve netlik için düzenlendi.
Therese Raphael: Hemen hemen gerçek zamanlı olarak bir genom dizileme altyapısı oluşturmanın Birleşik Krallık’ta ve küresel ölçekte etkisini nasıl tanımlarsınız?
Sharon Peacock: Pandemiye girerken sıralamayı nasıl yapacağımızı biliyorduk. Ancak birçok ülke gibi biz de SARS-CoV-2 virüsünü sıralamak için ihtiyaç duyacağımız kapsamlı ulusal ağ kapasitesine sahip değildik.
İlk günkü soru, politika ve kararları etkileyebilecek kadar hızlı sıralama yapabilir miyiz idi. Birleşik Krallık’ta, Mart 2020’nin başından itibaren, sıralama, dolaşımda olan varyantlar hakkında bilgi sağladı. Ve bu çok önemliydi çünkü stratejik şekillerde sıralamaya başladık. Sadece rastgele örneklerden sıralama yapmakla kalmayacak, böylece sadece neyin dolaştığını görebildik, aynı zamanda ülkeye neyin getirildiğini ve salgınların olup olmadığını görmek için seyahat eden insanlardan örneklerin hedefli sıralamasını da yapardık. yeni bir varyant veya olası bir süper yayıcı olayı ile ilişkili.
Aşılar piyasaya sürüldükçe, aşı başarısızlığı olan insanlardan örnekleri sıraladık. Yeni varyantları tespit edebildik ve insanların (varsayımsal) varyant A veya varyant B’ye sahip olup olmadığını kategorize edebildik. Bu, Birleşik Krallık’ın varyantlar ve bunların iletilebilirlik dereceleri, bağışıklık kaçırma derecesi ve öldürücülük derecesi.
Şimdi diğer insanlar, elbette, büyük ölçüde katkıda bulundular. Danimarka’da, İsrail’de ve başka yerlerde. Küresel anlamda, tüm sıralama yöntemlerimiz, analitik araçlarımız ve COG-UK’den gelen sıralama verilerimiz dünya tarafından erişilebilir durumdaydı. Pandemi sırasında bir noktada, küresel toplam SARS-CoV-2’nin %50’sini sıraladık. SARS-Cov-2’nin bir sonraki adımına bakıldığında bile patojen dizilimi hayati önem taşısa da, daha fazla insan genomlara katkıda bulunduğundan bu durum artık geçerli değil.
Sam Fazeli: Artık %50’de değil miyiz? Hala yüksek seviyelerde sıralama yapan var mı?
SP: Sıralama verilerimiz artık toplamın %50’sini oluşturmuyor çünkü aslında bu, pandeminin oldukça erken dönemlerinde, belki de eğrinin önünde olduğumuz ve yüksek bir hacimde sıralama yaptığımız zamandı. DSÖ’nün en son strateji raporu, üye devletlerin üçte ikisinin artık sıralama yapabildiğini belirtiyor. Ve böylece, küresel toplamın bir oranı olarak yüzdemizin düşmesini iyi bir şey olarak görüyorum çünkü bu, diğer insanların sıralama yaptığı ve katkıda bulunduğu anlamına geliyor.
Bunu rekabetçi terimlerle görmüyorum çünkü daha önce herhangi bir dizi verisine sahip olmayan belirli bir ülkede stratejik olarak yapılan küçük bir dizi dizileme inanılmaz derecede önemli olabilir. Bu nedenle COG-UK bir eğitim kolu (COG-Train) geliştirdi.
TR: Sağlam bir sıralama programı için sıralamak isteyeceğiniz ideal sayıda vaka var mı?
SP: Görebildiğim kadarıyla mükemmel bir tatlı nokta yok. Nasıl sıraladığınıza bağlı. Hedefli sıralama ve tarafsız sıralamanın bir kombinasyonunu yapıyorsanız, neler olduğuna dair bir resim elde edersiniz. Gerçekçi ve uygulanabilir olduğunu düşündüğümüz pozitif vakaların %10’unu ele aldık. Vaka sayılarının çok düşük olduğu dönemlerde %50’ye veya daha fazlasına çıktık.
Virüsteki değişiklikleri tespit etmek için sıralamaya ihtiyacınız var. Ve dahil olmak için önemli sayıda insana ihtiyacınız var. Aldığımız cevaplar açısından %10 aslında bize çok iyi hizmet etti. Artık sıralama yapamayacağınız yanal akış cihazları kullandığımız için çok yüksek bir orana çıkmak gerçekçi değil. %5 ila %10 arasında, kapsamanız gereken şey için makul bir tahmin gibi görünüyor. Ve eğer ihtiyacımız olursa, sıralama yeteneği beklemede. Bunun, örneğin diyabet için, hasta bakımı için bilgi sahibi olmanız gereken bir tanı testi gibi olmadığını unutmayın.
SF: Gördüğümüz gibi, aşılar enfeksiyonu önlemiyorsa, devam eden genomik testlerin değeri nedir? Birisi hastaneye gelir gelmez, zaten bir test yaptırıyorlar.
SP: Pandemi hakkında öğrendiğim bir şey, geleceği çok kolay tahmin edemezsiniz. Bir süredir aşıların enfeksiyonu önlemediğini biliyoruz. Aslında farklı bir biyolojik özelliğe sahip olan başka bir varyantın bir noktada ortaya çıkma olasılığını dışlayamayız. Özellikle bir endişe kaynağı olacak şey, eğer isterseniz bir tür evrimsel piyango yoluyla, önceki varyanttan daha ciddi bir hastalığa neden olup olmadığıdır.
Ya dizilemeden bir gösterge alacaksınız ya da önce büyüyen bir epidemiyolojik sinyal tespit edip ardından araştıracaksınız, örneğin Güney Afrika’dan BA.4 ve BA.5 ile gelen raporlarda. Peki dizilemenin gelecekte bir rolü var mı? Kesinlikle.
TR: İleride atık su gözetimi için nasıl bir rol görüyorsunuz?
SP: Atık su dizilimi, popülasyonlarda farklı seviyelerde ortaya çıkan veya dolaşan varyantları tespit etmek için gerçekten faydalıydı. Bence atık su sıralamasının geleceği öyle ki, onu farklı ölçeklerde – nüfus düzeyinde veya topluluk ölçeğinde, bir okulda veya hastanede – kullanabilirsiniz.
Tabii ki, yeni bir varyantın tek bir vakası varsa, bunu çok kolay bir şekilde tespit etmeniz pek olası değildir, çünkü israfın ölçeği nedeniyle samanlıktan bir iğne seçmek zorunda kalma etkisine sahipsiniz. Ama bence atıksu sıralama gerçekten güçlü olabilir, özellikle de sıralama yeteneğinin hiç olmadığı alanlarda. Örneğin, neyin dolaşımda olabileceğine dair pek bir fikriniz olmayan düşük ve orta gelirli ülkelerde.
TR: Covid, genomik dizileme farkındalığında büyük bir sıçramayı katalize etti. Halk sağlığı açısından dört gözle beklememiz gereken diğer uygulamalardan bazıları nelerdir?
SP: Bence bir sonraki sınır, insan genom verilerine genom dizilimi eklemek. Birleşik Krallık’ta çok sayıda insan genomu dizilemesi yaptık ve bu, genetiğin sizi ciddi hastalıklara karşı nasıl daha duyarlı hale getirdiği konusundaki birçok çalışmanın temelini oluşturuyor. Şimdi yapmaya çalıştığımız şey, bunu viral verilerle bir araya getirmek.
Başka bir alan, bir sonraki potansiyel pandemi için sıralamaya hazırlanıyor. Sıralamanın ayrıca antimikrobiyal dirençte oynama rolü vardır. Şu anda hararetle tartışılan AMR için kesin uygulamalar.
Büyük ve önemli bir soru, enfeksiyon önleme ve kontrol için hastanelerde sıralamayı kullanmalı mıyız sorusu olacaktır. MRSA’nın dizi verilerini epidemiyolojik verilerle bir araya getirirseniz, dizi verileri size sadece ayakkabı derisi epidemiyolojinizle karşılaştırıldığında bir salgın olup olmadığı konusunda çok daha fazla netlik verir.
SF: Hastaları genlerine bağlamaya çalışırken viral mutasyon dizilerinden ne öğrenmeye çalışıyorsunuz?
SP: Kritik bir sonuç, bir hastanın enfeksiyonuyla başka birine kıyasla daha kötü olup olmayacağını bilmek olacaktır. Çünkü o zaman önceden uyarılırsınız ve potansiyel olarak onlara farklı bir şekilde davranabilirsiniz.
Örneğin, belirli risk faktörlerine sahip oldukları için birisinin X koşulundan kötü sonuç alacağını zaten biliyor olabilirsiniz. Ancak soru şu ki, patojen genomunu konakçı genomu ile bir araya getirdiğinizde tahmine dayalı analitik açısından ekstra ne elde edebilirsiniz? [of an individual who tests positive for SARS-CoV-2]ve şimdi bunu yapmaya başlıyoruz.
TR: Olağanüstü kişisel hikayenizi sormak istiyorum. Üniversiteye gitme ya da lisede fen dersleri alma fırsatı verilmedi. 16 yaşında okulu bıraktınız ve bir dükkanda çalışmaktan diş hemşiresine geçtiniz ve gece okulu ve yol boyunca çeşitli reddedilmeler yoluyla hemşirelik derecesine ve ardından tıbba giden yolu buldunuz. Çok sıkıyorum açıkçası. Dayanma azmine sahiptin. İngiltere’de daha fazla Sharon Peacocks’un ortaya çıkması için ne olması gerektiğini merak ediyorum.
SP: Bu soruya tek bir cevabınız olsa ne güzel olmaz mıydı! Bir tane yok. Çocuklara ve erken yaşta fırsatlar ve eğitim sağlamak için her şeyi çevirmeden bırakabileceğimizi düşünmüyorum. Ailem üniversiteye gitmedi. Üniversitede kimseyi tanımıyorduk ve benim okulumda kimse üniversiteye gitmedi. Hepimiz bir iş bulmak için 16’da ayrıldık.
Evde o akademik ortamınız yoksa, okulda almanız gerekir. Dolayısıyla gençler üzerinde, yapmak istedikleri şeye gerçekten heves edebilecekleri ve hayırı cevap olarak kabul etmeyecekleri bir izlenim bırakmak gerçekten önemlidir. Belki de bu konuda eskisinden daha iyiyiz. Ancak yetenek ve yetenek çok farklı şekil ve boyutlarda gelir ve hayatınızın farklı zamanlarında olgunlaşmaya başlar.
Şu anda bir üniversitede akademisyen olarak, gerçekten özellikle yüksek öğrenime erişime odaklandım. İlk başta gece okuluna giderek kendimi daha yüksek bir eğitimden geçirdim, ancak hayatımı gerçekten değiştiren kapı, üniversiteye girmek oldu.
TR: Başarısızlığa izin veren ve gençleri risk almaya teşvik eden bir kültüre daha fazla ihtiyacımız olduğunu söyleyebilir misiniz?
SP: Başarılı olan herkes birçok kez başarısız olmuş olacaktır. Her başarısız olduğunda, farklı bir şey öğrenir ve yaparsın. Ve sanırım insanların başarısız olmasına izin vermelisin. Ve bu oldukça ilginç çünkü özgeçmişleri gördüğünüzde asla başarısızlıktan bahsetmiyorlar, sadece başarıdan bahsediyorlar. İnsanların başarısızlıkları ve öğrendikleri hakkında konuşmalarına izin verilen bir kültürü teşvik etmenin çok önemli olduğunu düşünüyorum.
Bloomberg Opinion’dan Daha Fazlası:
• Çocuklarda Artan Hepatit Vakaları Covid ile Bağlantılı mı?: Therese Raphael
• Kısa Bebek Formülü? Suçlu Kötü Politika ve Bürokrasi: Editörler
• Ekonomi İçin Ne Dilediğine Dikkat Etme Programımıza Hoş Geldiniz: Conor Sen
Bu sütun mutlaka yayın kurulunun veya Bloomberg LP’nin ve sahiplerinin görüşlerini yansıtmaz.
Therese Raphael, Bloomberg Opinion’da sağlık ve İngiliz siyasetini konu alan bir köşe yazarıdır. Daha önce, Wall Street Journal Europe’un editoryal sayfa editörüydü.
Bunun gibi daha fazla hikaye mevcut bloomberg.com/opinion
Kaynak : https://worldnewsera.com/news/entrepreneurs/analysis-the-woman-who-made-the-uk-a-world-beater-in-genomics/